跨区域预缴税款逾期了会怎么样，怎么协商延期？

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根据《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）规定，纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按照本办法应向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款而自应当预缴之月起超过6个月没有预缴税款的，由机构所在地主管国税机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定进行处理。

纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，未按照本办法缴纳税款的，由机构所在地主管国税机关按照《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定进行处理。

另外，根据《中华人民共和国税收征收管理法》（中华人民共和国主席令第49号）第六十八条规定，纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

因此，若您公司未及时按规定预缴增值税，税务机关可以按照上述规定除采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

法律主观：
预缴缴税款 (全部价款和价外费用 支付的分包款)÷(1+11%)×2%。

在项目所在地国税机关预缴 增值税 和所得税。

再由总机构向机构所在地国税申报以上税种。

总机构是一般纳税人的，由总机构开具增值税专用发票或普票，总机构是小规模的，可向项目所在地税务机关申请代开增值税专用发票。

缴税时需要带上预缴税款表，与发包方签订的建筑合同原件，与分包方签订的分包合同原件及复印件，从分包方取得的发票原件及复印件。

还有本人的 身份证 。

《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条　 增值税税率 ：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。

（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产， 土地使用权 ，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5.国务院规定的其他货物。

（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。

（四）纳税人出口货物，税率为零；
但是，国务院另有规定的除外。

（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。

税率的调整，由国务院决定。